La línea de acción de investigación tiene como objetivo principal obtener un mayor conocimiento de la gestión y estado de los recursos hídricos y ecosistemas acuáticos de Ibiza y Formentera. Para ello, su principal función es el diagnóstico del estado de la gestión del agua en Ibiza y Formentera. Así mismo, analiza el adecuado cumplimiento de la normativa y planificación vigente en materia de aguas. Este trabajo se concreta en la elaboración de los indicadores del agua donde se sintetiza el estado y tendencia de los principales temas clave del agua (sequía, estado de las masas de agua, abastecimiento, saneamiento, etc.), a partir de la información disponible por las autoridades competentes o mediante la elaboración propia.

Además, el observatorio del agua tiene también como objetivo la recopilación y documentación de toda la información disponible sobre los recursos hídricos y los ecosistemas acuáticos en el ámbito geográfico de Ibiza y Formentera. Esta labor se materializa en el visor del agua donde se aglutina toda la cartografía sobre el agua de Ibiza y Formentera. Además, la biblioteca del agua incorpora y ordena todos los estudios técnicos, informes, normativa, planes y documentación de interés para el conocimiento y difusión de los recursos hídricos de Ibiza y Formentera.