La Alianza se constituye como foro de participación de los principales actores sociales, económicos e institucionales de Ibiza y Formentera. La participación se desarrolla mediante tres espacios de diálogo y debate (Asambleas, Juntas y Grupos de Trabajo). La Asamblea está constituida por todos los miembros de la Alianza, establece y valida los objetivos de la Alianza y se reúne dos veces al año. La Junta Directiva está formada por el Presidente, Secretaria, Vicepresidente, Tesorero y Vocales elegidos por los miembros de la Alianza anualmente y realiza funciones de dirección y supervisión de los trabajos. Finalmente, Los Grupos de Trabajo se organiza en función de temas clave para la Alianza (sequía, planificación hidrológica, educación ambiental, etc.) y agrupa a aquellos miembros interesados en debatir y trabajar sobre estos temas.