L’Aliança es constitueix com a fòrum de participació dels principals actors socials, econòmics i institucionals d’Eivissa i Formentera. La participació es desenvolupa mitjançant tres espais de diàleg i debat (Assemblees, Juntes i Grups de Treball). L’Assemblea està constituïda per tots els membres de l’Aliança, estableix i valida els objectius de l’Aliança i es reuneix dues vegades l’any. La Junta Directiva està formada pel president, secretària, vicepresident, tresorer i vocals elegits pels membres de l’Aliança anualment i realitza funcions de direcció i supervisió dels treballs. Finalment, Els Grups de Treball s’organitza en funció de temes clau per a l’Aliança (sequera, planificació hidrològica, educació ambiental, etc.) i agrupa aquells membres interessats en debatre i treballar sobre aquests temes.